Po návratu do Československa prošel Otto Wagner nejrůznějšími velitelskými funkcemi u plzeňského pěšího pluku 18 a Instrukčního praporu v Milovicích. Velkou změnu v jeho dosavadní vojenské kariéře však přinesl duben 1931, kdy byl odeslán na Slovensko, kde po následujících osm let zastával nejrůznější velitelské funkce u horských útvarů naší armády. Nejprve u horského praporu 9 v Podolinci a poté od poloviny září 1936 u horského pěšího pluku 1 v Dolním Kubíně.

 

Po vzniku samostatného Slovenska v březnu 1939 se Otto Wagner vrátil zpátky do Čech. Ne však nadlouho. Již v polovině května 1939 odešel přes Polsko do Francie, kde si podal žádost o přijetí do francouzské armády. Jako absolventu francouzské vojenské školy mu bylo obratem vyhověno, v srpnu 1939 byl v hodnosti kapitána převzat ke koloniální pěchotě a čekal ho odjezd do senegalského Dakaru. Vypuknutí 2. světové války však jeho další plány změnilo. Namísto cesty do Afriky zamířil do jihofrancouzského Agde, kde se v prosinci 1939 stal velitelem I. praporu 2. čs. pěšího pluku. A právě s touto svou jednotkou se v červnu 1940 zúčastnil bojů s Němci na západní frontě a po francouzské kapitulaci byl evakuován na britské ostrovy.

 

Po vzniku 1. čs. smíšené brigády ve Velké Británii byl Otto Wagner spolu s dalšími „přebytečnými“ důstojníky začleněn do tzv. velitelské zálohy, s čímž se odmítl smířit. V souvislosti s akcí tzv. „28 českých pánů“, jež byla tehdy vyhodnocena jako vzpoura, byl dokonce vyšetřován čs. orgány a od ledna do dubna 1941 internován v Leamingtonu Spa, kde čekal na soudní projednání svého případu. Mezitím požádal prezidenta republiky Edvarda Beneše o povolení ke vstupu do armády Svobodných Francouzů, což se mu v polovině dubna 1941 splnilo. Ulehčení pravděpodobně v tu chvíli cítil nejen on, ale i někteří představitelé čs. armády, kteří s tvrdohlavým důstojníkem nemohli najít společnou řeč.

 

Francouzi zařadili Otto Wagnera ke II. praporu 13. polobrigády Cizinecké legie, s nímž se jako velitel roty zúčastnil v roce 1941 operací v poříčí Eufratu a na iráckých hranicích. V lednu 1942 odjel s 13. polobrigádou do pouště v Libyi, kde se mimořádně vyznamenal v legendárních bojích o Němci obklíčený Bir Hakeim. Jako zástupce velitele II./13. praporu byl poté se svou jednotkou nasazen do bojů na jižním křídle v bitvě u El Alameinu, kde byl těžce raněn. V rámci rekonvalescence byl odeslán do Velké Británie, kde působil jako instruktor ve francouzském výcvikovém středisku v Camberley. V září 1943 však byl opět odvelen do severní Afriky, kde působil jako velitel III./13. praporu Cizinecké legie v Sidi bel Abbès.

 

V dubnu 1944 se Otto Wagner vrátil do Velké Británie, kde v následujících čtyřech měsících absolvoval několik speciálních kursů zaměřených na boj v týlu nepřítele (a to včetně paravýcviku). Jako parašutista však do akce vysazen nebyl. Namísto toho se stal v listopadu 1944 zástupcem velitele náhradního tělesa a výcvikového střediska Cizinecké legie v Coulommiers. Teprve počátkem ledna 1945 se po opakovaných urgencích dočkal odeslání na frontu. Jako velitel motorizovaného partyzánského pluku „Foch“ se zúčastnil útoku na Royan a obléhání La Rochelle, kde ho zastihl konec 2. světové války v Evropě. Za své mimořádné zásluhy o osvobození Francie byl jako jeden z pouhých čtyř (!) Čechoslováků vyznamenán již zmíněným Řádem Osvobození.

 

V červenci 1945 byl Otto Wagner přeložen zpět k čs. armádě, a ještě tentýž měsíc se vrátil do Československa. Zde byl v září 1945 pověřen funkcí velitele pěšího pluku 20 v Michalovcích, s nímž se jako velitel skupiny „Otto“ zapojil do bojů s banderovci na východním Slovensku. V listopadu 1947 byl ustanoven velitelem pěšího praporu 68 v Jeseníku, odkud byl po půl roce odeslán do Karlových Varů, kde se ujal funkce zástupce velitele 13. brigády. Na konci dubna 1949 se stal velitelem motorizované brigády olomouckého tankového sboru a ve školním roce 1949-1950 byl posluchačem Nejvyšší vojenské akademie v Praze. To se však již jeho vojenská kariéra chýlila nezadržitelně ke svému konci.

 

V dubnu 1951 byl náhle jako „politicky nespolehlivý“ z armády propuštěn a o dva roky později zatčen a v březnu 1954 odsouzen ke dvěma letům ztráty svobody a degradaci „za hromadění zbraní a navádění k pokusu o útěk“. Po propuštění z výkonu trestu pracoval jako pomocný dělník na mnoha místech republiky (se zákazem pobytu v Praze). V roce 1962 sice odešel do starobního důchodu, avšak i nadále musel jako brigádník pracovat v královédvorských cementárnách v Berouně, aby si alespoň trochu přilepšil k nízkému důchodu, který mu tehdejší mocní vyměřili.

 

Nakonec se však Otto Wagnerovi dostalo poct, které mu právem náležely. Ne však v jeho rodné vlasti – Československu, ale v té adoptivní, ve Francii. V roce 1967 se mu totiž v tehdejší uvolněné atmosféře podařilo nakrátko vycestovat do Paříže, kde se zúčastnil oslav pětadvacátého výročí slavné bitvy u Bir Hakeimu. A hostitelé se k němu chovali s úctou náležející pravým hrdinům. Svému mladšímu bratru Eduardovi o tom v červnu 1967 napsal: „Byl jsem velmi dojat, když při oficiálním obědě Řádu de la Libération, kterou předsedal „le haut chancelier de lʼ Ordre“, i když se oběda účastnil ministr Messmer a halda větších generálů, pronesl krátkou řeč, v níž přivítal vdovu po maršálu Leclercovi, pak stařičkého generála letectva a potom mne… Končil to slovy: „Jestliže někdo bojoval obětavě a nezištně za svobodu a čest Francie, pak to byl on (to jest já)“, a přítomní začali tleskat a mně vyhrkly slzy a sevřelo se mi hrdlo, že jsem nemohl říci ani „Ň“ a stál jsem jako trouba a ukláněl jsem se napravo, nalevo. Již nemám tak pevné nervy jako dřív…“

 

Životní pouť tohoto vynikajícího důstojníka a velkého českého vlastence se definitivně uzavřela 20. května 1974 v Jihlavě. O dva roky později, v sobotu 15. května 1976, odvysílala francouzská televize v rámci hlavního večerního zpravodajství informaci, že toho dne byla do Památníku Cizinecké legie v Puyloubier slavnostně uložena urna s popelem českého plukovníka Otto Wagnera. Splnilo se tak poslední přání tohoto statečného muže, aby mohl navždy spočinout ve Francii, mezi svými spolubojovníky z let 2. světové války. V komunistickém Československu ČTK tuto zprávu do svého zpravodajského přehledu pochopitelně nezařadila. Stejně jako o dva roky dříve sdělovací prostředky u nás naprosto ignorovaly informaci o hrdinově smrti…